Le CNPE est composé de structures administratives et d´institutions nationales impliquées dans la formulation et la mise en œuvre des politiques macro-économiques, d’intégration et de coopération régionales.

Au titre du ministère en charge des finances :

- la Direction Générale du Budget ;

- la Direction Générale des Douanes ;

- la Direction Générale de l’Economie et de la Planification ;

- la Direction Générale des Impôts ;

- la Direction Générale du Trésor et de la Comptabilité Publique ;

- la Direction Générale des Etudes et des Statistiques Sectorielles ;

- l’Institut National de la Statistique et de la Démographie.

Au titre du ministère en charge de la coopération régionale : la Direction Générale de la Coopération Régionale.

Au titre du ministère en charge du commerce : la Direction Générale du Commerce. Au titre des institutions : la Direction Nationale de la Banque Centrale des Etats de l’Afrique de l’Ouest (BCEAO) pour le Burkina.